老总被关押,还能起诉吗

可以，互不影响！
诉讼是一个很专业的法律程序，而且对出庭人员的法律素质要求较高，因此不是几句话能说清的，最好找一个委托代理人，否则
1.占用自己的时间
2.由于不了解仲裁和诉讼规则胜负不一定
3.赔偿数额一般较少
我在北京，本人接受劳动争议方面的法律援助，可以收到赔偿款后再支付代理费！

起诉谁，谁授权委托谁？ 没说清楚。
如果是起诉关押的老总，暂时不可以 。