关于新概念第三册第一课有一句话一个had用法问题

had是过去完成时的助动词,后面必须是动词的过去分词。
was虽然在被动语态中它的后面也用过去分词，但必须是及物动词的过去分词。
这里这个句子不是被动语态，而且come是不及物动词，所以不可用was换had。

had come from 构成过去完成时态。
不能换成 was,换了就成被动语态了。

怎么可以换成was呢? 那个had 是过去完成时的助动词嘛