关于S1核酸酶作图法；核酸保护实验

求问一下，S1核酸酶作图法，基因长度900bp左右，我想用基因组DNA的PCR产物和总mRNA或单链总cDNA杂交，用S1核酸酶消化，目的是明确该基因的外显子。问题是有人质疑说900bp的核酸配不上对，请问900bp的核酸能不能正确配对，如果能应该是什么反应条件？另外是用mRNA好还是单链cDNA好？还有核酸酶消化的精确性怎么样？能不能把消化产物的几个片段序列拼接起来当作cDNA序列？

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