台湾护照在北京办理澳洲留学签证

你要先申请《台湾同胞往来大陆通行证》，再从北京出发。
正如港澳居民要从北京出国，只要合法进入大陆，就可以顺利出国。港澳台居民在大陆不使用护照。因此在驻台湾的澳洲领事馆签发的签证可以使用，不用改。签证是属於澳洲政府的，与中国政府无关。

完全可以。你处境用台胞证，在澳洲入境用你的台湾证件和贴在上面的签证。不需要改签