硝酸亚铁可不可以做芬顿试剂？

当然可以，芬顿试剂中起到催化剂作用的是Fe2+，而不是阴离子。

多用硫酸亚铁是因为它便宜，大约200元/t，而硝酸亚铁一来贵，二来不稳定

可以啊。
只是成本问题，硫酸亚铁是钛白粉副产品，有人要还好，没人要就是垃圾，硝酸亚铁是硫酸亚铁和硝酸钡进行复分解反应制得的，你说那种贵？