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来源：百度知道 编辑：UC知道 时间：2024/06/04 04:41:35
最近在做O4分子模拟，做正方形模型中性原子时出现负频的情况，同样的构型做+1原子时却能够算得正频。这是什么回事呢？该怎么解决啊？
鄙人刚刚接触这个软件，提的问题比较浅，高手见笑了
以下是输入文件：
%chk=01.chk
%mem=6MW
%nproc=1
# opt freq ub3lyp/lanl2dz geom=connectivity
Title Card Required
0 1
O
O 1 B1
O 1 B2 2 A1
O 2 B3 1 A2 3 D1
B1 1.5000000
B2 1.5000000
B3 1.5000000
A1 90.00000000
A2 90.00000000
D1 0.00000000
1 3 1.0 2 1.0
2 4 1.0
3 4 1.0
4
能不能给个可以算出正频的坐标？
鄙人刚刚接触这个软件，提的问题比较浅，高手见笑了
以下是输入文件：
%chk=01.chk
%mem=6MW
%nproc=1
# opt freq ub3lyp/lanl2dz geom=connectivity
Title Card Required
0 1
O
O 1 B1
O 1 B2 2 A1
O 2 B3 1 A2 3 D1
B1 1.5000000
B2 1.5000000
B3 1.5000000
A1 90.00000000
A2 90.00000000
D1 0.00000000
1 3 1.0 2 1.0
2 4 1.0
3 4 1.0
4
能不能给个可以算出正频的坐标？
Gaussian在优化时会优先选择保持高对称性。楼主的输入文件里的O4分子有D4h这样高的对称性。如果程序保持了这样的对称性，优化时顶多就会调整几步O-O键键长而已，所有原子还会保持在同一平面。这样做可以节省计算时间，但有可能在某些坐标上不收敛到极小点的问题。
我自己没算过，但这样的结构有虚频并不奇怪。如果O-O之间都成单键，是不等性sp3杂化，键角应该接近109.5度，而不是输入文件里的90度。O4的稳定构象很可能是一个空间四边形，而不是平面正方形。这个空间四边形会有两种稳定构象：以某三个O原子确定一个平面，另一原子在这个平面上侧或下侧可以有两种构象。它们可以互相翻转。这个过程中会经过平面的构象。从优化出现的虚频来看，它应该是个鞍点(过渡态)。我想虚频对应的振动应该是构象翻转的振动，这个坐标上它的能量应该处于极大值。
解决这个问题应该比较简单，需要做的就是破除对称性——使4个原子不都处于同一平面。把Z矩阵里的输入参数D1也就是二面角改一点，随便改几度，原子就不全部共面了。要确保解决问题还可以在命令行里加nosymm关键字破坏对称性。这样优化应该会大致沿着构象翻转的途径，收敛到空间四边形的结果。我想就不会再有虚频了。
希望对楼主解决问题有帮助。如果我写的这些还不太清楚，可以发消息给我。
不懂