校园杂志～免费增刊～定期出本～通过拉赞助～登广告来回收成本。请问是否违反？

当然不违法！
学校里很多学生组织搞活动都是通过拉赞助收成本，甚至盈利的。
不用担心，我敢说全国各地的校园杂志都是这样干的。除非他们学校超有钱，而且校团委舍得把钱大把撒给学生用。（这概率太小了）

经营性活动需要缴税，所以要公司办，你说的行为不违法！