句子分析：Smoking does harm to the health.

harm在句中是作为名词使用,所以需要谓语动词，常常我们使用的短语是do harm to，to是介词。
如：Only Bad people do harm to animals. 只有坏人才会伤害动物。
吸烟有害健康通常我们还能使用它的形容词形式
如：smoking is harmful to your health.

当然在句子有谓语的情况下有时候也使用助动词表示强调。
比如：i understand. 我懂了。
这句话要强调说我真的懂了，就可以说 i do understand。

does 是强调。 吸烟（真的）危害健康。

比如：I do miss her. 我真的想念她。

harm在这个句子里是名词，前边要用个动词来施加动作，固定搭配是do harm造成伤害，后边跟介词to

如果想让harm作动词的话，可以直接说：Smoking harms the health.

如你所说，这种情况很多。动词+名词 短语 可以和中间那个名词的动词形式 互换。 比如：
make an experiment= experiment 动词 做试验

do确实可以起强调的作用，但是在此句中却不是此种用法！
此句是一个很简单的主谓宾结构。
Smoking当然是做主语，harm在这里是名词，do harm to是固定搭配，与do good to意思相反，是属于短语介词，在句子中做谓语，最后the health 是做介词 to也就是短语的介词的宾语，构成整个句子的主谓宾结构！