主版由华硕945换成了技嘉EP43-DSL，可3D MARK分数反而降了9400变成7700？

你的主板应该是开省电模式之类的了，处理器降频了。

运行的时候确保进程里能关的都关掉

3DMARK主要测试的是显卡的性能。你换主板之后应该对得分没有什么大影响。但你分数有很大的下降，我估计是你显卡和主板不是很兼容，也有可能是你主板或者显卡驱动不兼容。多换几个驱动试一下吧。
到于CPU显示1。7，不正确，应该是2。5G（在中关村在线查到的）分数低，可能和你主板没认到这么大CPU有关系，看看说明书，把CPU设置正确看一下吧。