为什么我的电脑会在删除或下载文件时弹出的窗口总是在旧窗口的后面

不清楚具体的原因。
你可以尽量卸载用不到的程序，减少系统的不稳定因素。
很有可能是某个程序（也可以是病毒）影响了窗口的激活功能。

如果不是你一装完系统就这样，而是最近才有的状况你可以考虑重做系统。