会计主管离任，应不应该进行全面清查？

无需。
全面清查涉及的内容多，工作量大，范围广，清查费用相应较高，一般只在以下几种情况下进行：
（1）年终决算，编制年度会计报表前；
（2）企业撤销、合并、分立或发生隶属改变关系时，以明确经济责任；
（3）企业清产核资或进行资产评估时，以摸清家底；
（4）企业发生其它重大体制变更或改制时。