一国两制和两国论有什么本质的不同

本质区别大了。
一国两制，说白了就是一个国家两种制度，大陆主体部分实行社会主义制度，港澳台地区实行资本主义制度。中国大陆、中国香港、中国澳门、中国台湾都是中国，一个国家。
两国论是李登辉抛出的分裂理论，认为大陆和台湾是两个国家。这种理论即使在台湾也得到了广泛的反对。

一国两制：首先双方认同双方属于同一国家，即中华人民共和国，中央政府是唯一的合法政府。

两国论：就是两个国家，互不隶属