能对隐藏文件、文件夹扫描杀毒吗？隐藏的压缩文件、文件夹呢？

能的，就是加密码的压缩文件都会提示输入密码或跳过，我的卡吧还能扫描我用文件夹加密器加密的文件。这些文件就是在PE系统里也是看不到的，但它还是能扫描。

全都能扫。要不杀毒软件是干什么的？

你要是知道哪个隐藏文件夹里有毒，那就显示出来单杀；如果不知道，即使不显示出来，也可以通过对电脑硬盘杀毒将其搞定；但是加密后的文件，他是查不了的。

一般都是可以查杀的。但是不排除有列外的杀毒软件。最好是将隐藏文件先显示出来在查杀，这样更好

能

但是你看不到

可以，部分杀毒软件需要设置，不设置就会跳过去。
还有的软件可能没有该项设置，只有先显示再杀毒。