我公司是一家刚成立的以进口为主的外贸公司,进口报关之类都是委托代理公司处理

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如果是外贸公司，不知道你们有没有内销业务，如果有，可以考虑内销跟外销分开记账，也就是两本帐。进口货物可以拿形式发票和进口海关缴款书的增值税单记账，如果你们不是一般纳税人那就牵扯不上抵扣的问题了。如是一般纳税人需要海关缴款书增值税抵扣，可以采取自己抵扣，也可以让代理公司抵扣后给你们开内销专业版增值税发票的吧，太具体的就得跟你们的代理公司商量了