sai上直接画线稿应该用铅笔还是笔?

看你的线稿是做什么用的吧。

如果只是画在电脑上看看的（CG），建议使用画笔工具，
用铅笔的话，完稿后缩图会产生锯齿，导致线条不流畅美观；

如果是黑白漫画的线稿（用于输出），建议使用铅笔工具，
因为位图格式（只有一色黑）才能达到最好的印刷效果。

照你说的，用魔棒填色块的话，多半是后面这种情况吧……
总之要用魔棒选区域的，一定要用铅笔工具，并保证所画区域是封闭的。

用画笔工具的话，即使封闭的区域也没法完全选中，
你试着放大看就很清楚了。

用选择笔工具选出来先吧，或者改下魔棒的设置，容差改小点，我个人是用铅笔勾的线