我从网上NCBI上找到某个基因的MRNA序列，利用什么软件把它反转绿成CDNA序列，进行比对呢

bioedit吧，这软件小，功能强大。sequencher也好点，不过是收费的，很难搞到。简单的比对用primer就够了也有这功能，要不就dnaman。
推荐bioedit。
不过你要比对什么呢？

跟什么比对？？
如果是用blast或clustar
根本就不需要转嘛。

Primer Premier或者Vector NTI。