自考本科已经拿到毕业证，可是二代身份证号和毕业证上的身份证号不一样，请问能有办法让二者一致吗？

没有关系，二代的身份证只是由15位自然升位到18位，不影响你的毕业证，和以后就业，工作，生活。
补充：如果你是用一代身份证申请毕业的没有关系，如果你是用二代的身份证申请的但是毕业证和身份证号码不一致，那就麻烦了。你只能让自考办给你想办法改（前提是自考办失误）。如果是你自己造成的，一般很难改了。bless!

只能去你的出生地的公安去办理，让他们把新身份证上的号改成第一代的
只能这样
如果不一样，证书可能没效