我的侄子现在在国内上高三,将在09年6月参加高考,他又将在09年4月份获得单程证过香港.他能参加高考吗?

不是永久居民。获得单程证过香港，要在香港居住满7年，才可以申请转为永久居民。
可以参加港澳台联考。
港澳台联考网站看这里：http://www.gatzs.com.cn/gatpz/

符合下列报名条件之一的，方可报名：
①港澳地区考生，持香港或澳门永久性居民身份证和《港澳居民来往内地通行证》；
②港澳地区考生，持香港或澳门非永久性居民身份证和《港澳居民来往内地通行证》；

你侄子符合条件②.
因为你侄子是持《前往港澳通行证》(俗称单程证)来港定居的，可以到香港中国旅行社申请办理《港澳居民来往内地通行证》（俗称回乡证）。
而香港身份证（非永久性居民身份证），在他到港的30日内就必须办理，14天就可以办到。地址在湾仔的入境事务大厦。具体你可查看入境处的网站：http://www.immd.gov.hk/chtml/hkid.htm

能参加啊，现在国家有优惠政策出台啊，不知道吗？凡是台湾、香港、澳门籍的学生不论中考还是高考都有优惠可以在考试成绩里加一定的分的从今年就开始执行我早就查过中高考怎样会有优惠啦。不管是不是永久性居民考试是都可以考的可以在现在的学校也可以联络一家香港那面的学校考试。

当然可以了啊

可以