请教一个深究的英语问题！and the 1.5 million bats that(代指什么呢？) live under it.

不代指任何东西！
这里that是连词，没有实际的含义，可以去掉。
One of the quirkiest tourist attractions in America is a bridge in the city of Austin, Texas, and the 1.5 million bats live under it.
同样可以。
美国最诡异的一个游览胜地是德克萨斯州奥斯丁市的一座桥以及桥底下生活着的150万只蝙蝠。

that指代bats蝙蝠
that在这里引导定语从句。that在that live under it 中做形式主语，取代前面的bats.
整个定语从句修饰bats，就是150万生活在桥下的蝙蝠。

代指的是bats.一百五十万蝙蝠生活在桥下.that本身没有任何意思.同样也可以用which代替或者直接1.5 million bats live under it.

不知道国内怎么教的,这个代词只是种习惯.同who where when一样功效

一个旅游景点quirkiest在美国是一个桥梁的城市得克萨斯州的奥斯汀，以及150万蝙蝠生活在它。

我同意1楼。
2楼说的不对。不同的情况是有限制的。在不同的从句，限制或者非限制的情况下都会有所不同。