上年度预收账款今年税局查账时按收入补缴了税款，如果以后补开发票税款部分如何处理？

你补交了税款以后，应交税费科目应该是有借方余额，表示多交的税款。补开发票的时候，应交税费产生贷方发生额，会与上述借方余额抵消，所以不会产生多交税款的情况，也无需处理，在交税的时候直接按照实际的应交税费贷方余额交就是了。