贷入存款所用的账户是在我们个人名义下存放的，这样的话可以记入公司账目吗？

最好不要这样做，因为你一旦记入公司账目，税务局查账的时候会作为“公款私存”行为，有偷税嫌疑。违反会计制度的，如果是短时间的，可以在账目里说明这样做的原因，税务局查账的时候，说明了原因可以获得谅解的。既然当初贷款也是以私人名义贷的，那么现在纳入公司经营使用，就应当履行借款手续，以公司借款的名义，公开合法地入公司的账，作为“其他应付款”

分开记账,把公司用的部分作公司借的私人款项,作其他应付款处理就可以了.