司法大于行政，那么理论上最高法院可以否决国务院的命令吗？

司法大于行政压根就不正确。。。或者不是你这个理解法 司法和行政是有一定的 制约的关系 但不是上下级的关系 无法左右行政命令

我国的司法向来就是受行政管束的,理论上的东西不可相信.

法治的要义就是对国家权利的限制.现在我们的国家虽然还没有宪法之诉.但是,现在已经出台的<<国家赔偿法>><<行政诉讼法>><<行政法>>等一系列的有关法律都是对法治体系的不断完善.
您所提的问题,我的答复是:可以的.

只要命令不违法，应该不能否决吧