问一下，我的富士s100fs，在手动模式下，快门速度在1/400以上拍出的相片全是黑的，是什么问题，

因为光线太暗了，你的快门速度太快，所以出来的结果是全黑的。你应该减慢快门速度，比如讲快门速度改到1/15s。
开闪光灯的时候，光线变好了，1/400当然可以拍出来，但是你明知道光线暗，为什么还要用这么快的快门啊
你在哪里拍摄没有关系，你要是不清楚在手动模式下快门速度设置为多少，还是别用手动模式，建议使用光圈优先模式。

你的光圈是多大啊?如果光圈太小可能会出现暴光不足,严重时就是全黑。另外感光度也会影响暴光程度。

手动拍摄的话
在室内假设你的iso100
光圈在广角开最大,通常可能还需要1/10-1/20秒快门

你手动调曝光参数,相机只会爆那么多光.手动的话初学者要看相机提示,相机会提示你过曝或者欠曝的,看说明书.

建议先分情况用光圈优先和快门优先.

多看说明书

s100是好相机!
用得好绝对不逊于低端单反!

...你要把光圈和快门的组合写出来大家才能帮你看是什么问题啊！还有ISO!
PS还要看你是处于什么环境的，既然你那么说，那肯定是快门低了，曝光不足的原因！你可以看那个EV值，是自动的，是不是处于最左边还不停的闪动！如果是那就是曝光不足！