和某国企单位签了三方协议，现在考上了外校的研究生，可能最近要到我的本科学校提档案，档案可以顺利提走

学校很可能因为你的三方协议而不给你转档
你需要把情况向单位说清楚，提出解除就业协议申请，协商解除就业协议，可能需要支付一定的违约金，但是这个具体可以和单位商量。
在拿到解除协议的证明后，连同你手上的和单位的协议书交到学校就业部门，学校就会给你办理转档手续.

你先和学校的主管的老师问清楚，你和学校没利益冲突，他们肯定会告诉你正确的做法，有时候学校也挺为自己学生着想的。