从应付账款中扣除手续费由银行支付，应该怎么做凭证

你到底是付9900元给对方还是应该付10000元给对方，如果是付9900元，银行收了手续费，计入财务费用，但是如果本来就是付10000元，至于银行收不收对方的手续费，不关你的事，
补充回答：
即然是付10000元，银行只给对9900元，这100元的手续费是该对方付还是你付，如果是你付，就作财务费用，把还欠对方的100元补付，如果是对方承担，你就不管噻
借：银行存款 9900
财务费用 100（你承担手续费）
贷：应付账款 10000

借：银行存款 10000（对方承担手续费）
贷：应付账款 10000

1、从应付账款中扣除的手续费银行支付的会计分录是：
（1）本企业承担的手续费：
借：银行存款
财务费用-手续费
贷：应付账款
（2）对方企业承担的手续费
借：银行存款
贷：应付账款
2、应付账款科目核算企业因购买材料、商品和接受劳务供应等经营活动应支付的款项。企业（金融）应支付但尚未支付的手续费和佣金，按照对方单位（或个人）进行明细核算。
3、财务费用科目核算的内容有：
（1）利息支出，指企业短期借款利息、长期借款利息、应付票据利息、票据贴现利息、应付债券利息、长期应付引进国外设备款利息等利息支出（除资本化的利息外）减去银行存款等的利息收入后的净额。
（2）汇兑损失，指企业因向银行结售或购入外汇而产生的银行买入、卖出价与记账所采用的汇率之间的差额，以及月度（季度、年度）终了，各种外币账户的外币期末余额按照期末规定汇率折合的记账人民币金额与原账面人民币金额之间的差额等。
（3）相关的手续费，指发行债券所需支付的手续费（需资本化的手续费除外）、开出汇票的银行手续费、调剂外汇手续费等，但不包括发行股票所支付的手续费等。
（4）其他财务费用，如融资租入固定资产发生的融资租赁费用等。

借：应付账款9900
借：财务费用100
贷：银行存款10000