天然气管道要走我家的水井边过，不知会不会影响我家的井水？

不会的，天然气管道要经过防腐、刷漆，密闭的很好，如果法兰或者阀门不出现问题，不会泄露，也就谈不上污染。
但铺设天然气管道，要求管道两侧5米之内不能有建筑物、植物或重物，不然会导致占压，对管道的安全运行造成隐患。
所以，管道对井水不会造成影响，但有可能要求你家停井（如果距管道5米之内的话），不过他们会给予赔偿的。

不会