染色体上的一定是等位基因嘛,有可能是相同基因吗？

有啊
同源染色体上同一位置控制相对性状的基因适等位基因
同源染色体上同一位置控制相同性状的基因是相同基因

我感觉你没有真正理解等位基因的概念。等位基因是指位于一对同源染色体的相同位置上控制某一性状的不同形态的基因，只是一个位置概念，说明他们的位置相同罢了。
染色体是的基因也不一定都有等位基因。例如性染色体上。由于X染色体和Y染色体大小形态不同，X染色体比Y长，X上面的基因也就比Y多，这时X染色体上的某些基因就没有等位基因了。
等位基因可能是相同的，也可能是不同的，例如基因型可能是AA、aa，这时是相同的；也可能是Aa，这时是不同的。

有，那是基因突变。有的A和G还配对那