长期合同工如果单位要解除合同，该怎样补偿？

从你说的情况看,你参加工作时间那么早,我猜测你所在的单位应是国企或事业单位,你这种情况应该是停薪留职,我提供以下要点:
1、在广东，停薪留职的用工形式在2000年以后就不批准了，单位说补至2000年，应该是以此为理由。
2、你单位的理由是不成立的。虽说停薪留职的用工形式在2000年以后就不批准了，但并不等于2000年以后的补偿金单位就不用补了。广东省劳动厅在2000年表示不批准停薪留职的用工形式的同时，也要求单位要对2000以前已经存在的停薪留职进行清理，即对要求继续办理停薪留职的员工解除劳动关系，给予经济补偿。单位不即时清理是单位的责任，单位现在才提出解除劳动关系，那么经济补偿金就应当算到现在为止。
3、而且，广东省劳动厅有规定，职工缴交了社保中应由个人承担的部分的，停薪留职年限原则上可计算为补偿年限。
我不知道你在哪个省，但是广东的规定也是根据中央的精神定的，可能广东执行得早一些，我想其它省也应该有类似的规定。我现在提供中央和广东有关规定的名称给你，你可以在google上找你所在省份的类似规定。
《中共中央国务院关于切实做好国有企业下岗职工基本生活保障和再就业工作的通知（1998.06.23）》
《关于理顺国有企业下岗职工劳动关系有关问题的通知》(粤劳社[2000]36号)
《关于对处理企业停薪留职人员及富余人员劳动关系的复函》号)作的通知（1998.06.23）》
《关于企业与原停薪留职人员解除劳动合同经济补偿金计发基数的复函》

当然，你去当地劳动和社保局咨询，也会有收获。

　 用人单位除按劳动合同法第三十九条规定的情形无需支付经济补偿金外，其它情况根据解除的原因不同，赔偿的方式是不一样的。
　　1、如果双方协商一致解除合同，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里所称的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，按应发工资计算。
　　2、如果单位没有正当合法理由单方辞退，需要按上面标准支付双倍的赔偿金。
《劳动合同法》
　　第三十九条　劳动者有下列情形之一的