市汽车运输公司隶属于什么政府部门

它是一个企业，不隶属于任何部门。
要是一定给它找一个“婆家”的话，那就是隶属于国资委（或者国有资产管理局）

如果是国有的，正确答案，应该是交通局下属企业单位，国有企业都是归属相关事业单位管理的。