甲方已经向乙方出具了工程结算单，并付了部分工程款，余款却以工程没验收合格为由拒付工程款

这太正常了。要看合同约定，付款方式一般都是边干边付一定进度款，工程竣工报验合格后，付款率一般达到90%，最后的10%工程尾款，会在建筑物使用1年左右后支付，大多数的建筑工程总包、分包合同都是这么约定的。你没有具体情况，我只能告诉你这是行业惯例。在《通用条款里》没有，在《专用条款》中一般都是空着让当事人自己填写的，你看看就知道。

如果甲方已使用未验收合格的工程，则可根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件使用法律问题的解释.13及14条之规定，你的尾款是不能以工程没验收合格为借口拒付的。