为什么唯独商业企业未达到年应税销售额就不能申请为一般纳税人？

因为税务机关查处的虚开增值税专用发票案件绝大部分都是商贸企业。

税务局在商贸企业的一般纳税人认定方面吃过很多亏，所以对商贸企业管理严格一些也在情理之中。

是税务机关为了防止商业企业利用其交易的特点，以达到虚开发票的目的。