C、Java这些高级语言开发工具是用什么工具开发的？开发工具的源头在哪？是不是要追溯到二进制？

用机器码（就是二进制指令）开发出汇编
用汇编开发出高级语言
一般高级语言 的 编译器 都是汇编编出来的

但是C 的编译器就是用C 编的
神奇吧。。。

C Java 并不是开发工具 只是一种语言 你指的应该是Visual C++之类的开发工具。

这些编译器最初是用汇编语言写成的，后来就可以用那些已经实现的功能来编写其他的内容。

编入代码，文件生成

汇编语言和二进制差不多了，每一句汇编都可以查询表格写成对应的机器码。机器码一般写成16进制，也可以写成2进制。
C，Java并不是头一批高级语言，还有更古老的比汇编高级的例如Fortran，Cobol等。
至于Java很可能是用C写的。