We thought it our duty to take care of the orphans.

如果用it is our duty,那么这个句子就变成了宾语从句，是复合句；但是如果去掉is,那么our duty就作为宾语补足语，整个句子就成了简单句。

We thought it was our duty...
用的结构是think (that)+句子,也就是think后面加了宾语从句。
We thought it (to be)our duty...
用的结构是think sb/sth (to be)+ adj./n. 认为...是...
两个句子句意一样，只是结构不同。
* think后加从句时要注意从句的时态。

这是一种委婉的表达
用过去时 表示说话人的礼貌 谦恭
比如： I was wondering if we can go to the cinema tonight
其实是一种委婉的建议了 不是表示过去

是的！