今天我的车尾号限行，可我还是开出来了，我知道电子眼可以拍到，晚上我要开车回去的话，会一天罚款两次么

当然！

不仅仅是晚上回去会被处罚，即使早晨开出去这一路上，也有可能被多次处罚！北京市发布“尾号限行”通知时，明确规定，违反尾号限性措施，可以多次处罚。
有人曾经在500米的路段上被处罚3次呢！

强烈建议楼主今晚等限行时间过了以后再开车回去，也就是20:00之后再往回走，就没事了。
不过早晨出来这一路上，若被多次处罚，那就没办法了。