“鱼与熊掌不可兼得”中的鱼指的是甲鱼还是鲍鱼，为什么？

没具体指，只是泛泛而言。

不过可以告诉你，甲鱼和鲍鱼都不是鱼。

甲鱼是一种卵生两栖爬行动物（脊椎动物爬行纲）

鲍鱼是单壳软体动物（脊椎动物软体纲）

本文节选自《孟子·告子上》。原句：鱼，我所欲也，熊掌，亦我所欲也；二者不可得兼，舍鱼而取熊掌者也。

这句话的本意不是说二者必然不可兼得,而是强调当如果不能兼得的时候,我们应当如何取舍。
孟子的原话是：“鱼我所欲也，熊掌亦我所欲也，二者不可兼得，舍鱼而求熊掌。” 他是用鱼与熊掌来比喻“生”与“义”的取舍关系:“生，我所欲，义，亦我所欲也，二者不可兼得，舍生而求义。”
而不是说哪种鱼和哪种熊掌

这个只是一个普通的二选一的比喻,没有具体指的什么鱼和什么熊掌的.

不可能是鲍鱼，中国人吃鲍鱼的历史不早于明朝
甲鱼也不太可能。与当时习惯用语不符
一般的鱼吧

孟子把生命比作鱼，把义比作熊掌，认为义比生命更珍贵就像熊掌比鱼更珍贵一样.