交通肇事者保险赔付问题

不属于，保险公司车上人员责任保险只是保驾驶者的责任，不会涉及驾驶者和车主之间的关系问题。赔款给谁需要取得被保险人（车主）的书面同意，如果保险公司已经赔款给A了，那也是得到了国有公司的同意的。
至于公司和驾驶者之间的费用问题，要看这个公司的相关用车管理规定有没有约束，属于企业规章制度问题，和保险公司赔款没有关系。
举例：A花了100元医疗费，这100元医疗费不属于国有公司财产，所以谈不上什么贪污，公司可以以公车私用拒绝为A的100买单，也可以选择让保险公司为这100元买单。从你的题目看，公司选择了后者，但是还有没有什么其他对A因为违规用车的行政处罚就不得而知了。

保险公司将肇事者的医疗费用赔付是应当的，但是赔款应有原投保单位，或原单位法人去领取，因单位投保，索赔权应该归单位，然后再支付肇事者，这样比较合理，肇事者领取赔款不向是贪污吧

赔款给谁要看被保险人是谁 或者此保险的受益人是谁 而且现在理赔程序都逐渐正规化了 赔款最后只能给被保险人或者其授权委托人。