税务来查账，我写那个记账凭证的序号用铅笔，有没有什么问题？

应该没问题，除非这个税务是存心找茬，否则一点点小事，顶多就告诉你，回去用水笔什么的重新标注。
如果怎的是存心找茬的，话，别说记帐凭证的序号是用铅笔写的，就连下错了科目都要揪出来说说，就看是不是存心找茬了。
不过现在税务一般不会太计较！

账只要不出大的违法事件，一般没问题，问题是最好给他点好处，请吃个饭等好好招待

没什么大问题。改过就好了。

问题应该不大。