三相电中说的线电压或者是相电压哪个指的是有效值

都是指有效值。 定义不一样。

三相输电线各线(火线)间的电压叫线电压,
任一相线与中性线（零线）之间的电压叫相电压。

线电压的大小为相电压的1.73倍，也就是根号3倍。

然后你问的“比如说三相变压器：S =根号3倍*额定电压*额定电流/1000KVA中 根号3 是怎么来的？” 不要搞错定义，这里求的是变压器容量，也就是视在功率。
换种算法你比较容易理解。把三相换成三个单相来算。
一个单相P=UI，这里的U是相电压。然后三相就是P=3UI。
没错吧。然后把这里的相电压换算成线电压，就是除以根号3.
最后还是得到S=根号3*UI。这里的U是线电压。

这只是分析方法，在变压器高压侧，一般说的都是线电压。比如我国通常的配电线路，线电压都是10KV。就是指线电压。