请教一个生物信息学的基本概念

你其实请教了4个概念...
这4个都不是一言两言能讲清楚地。如果笼统地讲，进化距离
比较基因组学 照字面理解就行。 全局对比(global alignment)是用来align两个序列的一种方法。同源建模(homologous modeling)是用来预测蛋白质结构的

详细的建议你去查wiki。

对于两条比对序列的全局比对，就是分别以这两条序列为行和列构造矩阵，然后按照一定的比对算法进行不对，一般的全局比对算法有needle-wunch方法。如果这两条序列的长度分别为M，N，则要先构造一个 （M+1）*（N+1）的一个矩阵，然后从这个矩阵的左上角一只填写这个矩阵，填写的数值就要看你采取的算法思想了。直到填完整个矩阵，然后是找第M，N个位置的值，然后采用回溯的方法找到一天完整的回溯路径。例如：
G A A T T C A G T T A (sequence #1) →M=11
G G A T C G A (sequence #2) →N=7
So M = 11 and N = 7 (M，N分别是这两条序列的长度)
Si,j = 1(如果两个碱基相同则其值就加一)
Si,j = 0 （如果两个碱基不同则其值就加零）
w = 0（如果有哪条序列中的碱基与空格相匹配则罚分值为零）
然后就根据这种思想填写矩阵然后在第7行第11列得到的数值是6，然后进行回溯最后得到的全局比对结果是：
G A A T T C A G T T A
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G G A _ T C _ G _ _ A