使用呼叫等待功能，三个人同时给我电话，那么暂停的那个通话的费暂停吗？是不是仍然在计算时间不停收费呢

仍然计费的，你要了解呼叫等待的原理就明白了。
对方拨打你电话，对方的信号经运营商（电信、移动等）转接，然后发信号到你的运营商，你的运营商再发先好给你。你暂停一方的通话，只是从你手机这里暂停。前面的线路还在。运营商收费是看你的信号是不是经他们发到外面去。所以，你明白了？