16srRNA作为进化标尺的缺点

16s rRNA 的序列保守且进化速率相当稳定，目前分子水平研究生物之间的进化关系都是分析16s rRNA 序列的差异。
不过你说的“进化标尺”不太明白，16s rRNA 序列差异分析只能找出生物之间在系统进化上的亲缘关系远近，不能判定一个生物是否是进化的吧。生物是否是进化的还是有看它出现年代（地质学依据），胚胎发育过程，形态、生理对环境的适应程度等来判定吧。
当然，已经判定进化地位的生物就可以作为一个标尺了，通过16s rRNA分析，跟它亲缘关系近的就也是跟它进化地位接近的。但是——如果有有两种生物在系统演化上很早就分道扬镳（序列差异大）——并在各自对环境的适应中走到了相当高等的地步（进化地位相当），这就没法仅从16s rRNA 来判定了吧。
我是这么想的。
可以参考的资料：《细胞生物学（翟中和）》、《生物进化论（李难）》