请问日本有独立的军事指挥权吗

有的。世界上唯一没有战时军队指挥权的国家是韩国，在战时，韩国的军队指挥权在美军手里。但是在和平时期，韩国有自己的军队指挥权。

有，日本军事指挥权分为三级。
第一级是首相，防卫大臣领导的内阁安全会议
第二级是防卫省（国防部），统合幕僚监部（总参谋部）
第三级是各个军区，陆军分5个，海军分5个，空军分4个
关于日美安保部分，目前驻扎在冲绳的美国海军陆战队8000人将全部撤到关岛，驻日美军多处基地返还日本，日本自主军事进一步扩大。

不明白你问的意思，日本是文官制即参谋长掌军权，即防务省长官是名义最高长官，指挥权在三军参谋长，就像美国的军权在参谋长联席会议主席身上

现在的日本没有军队。