克里姆林宫是如何躲过德国空军的空袭的？

说简单一点，
根据台风计划从1941年10月开始进攻莫斯科，莫斯科防空部队同空中德军空军作了顽强斗争，10月间，德军对莫斯科进行了31次空袭，共有2000架飞机参加，其中278架被击落，只有72架闯入莫斯科上空。
因此可以看出其破坏力相当有限，像克里姆林宫这样的重要目标苏军的防空只会更加严密，很难进入。
另外我认为还有几点，一个是战役中期开始苏联进入了冬天，对于德军来说严寒的气候和大雪皑皑难以辨认的地形，同时加上补给困难，苏联本身落后的军事条件很难被加以利用，以及需要高成本都足以迫使德军放弃空袭。
还有就是在此前不久，德国的空军在对英国的海狮计划暨不列颠空战中遭遇重大挫折和损失，也是希特勒挥之不去的一个阴影，所以对于空军空袭估计如果没有明显效果一定会选择放弃。

德国根本没有战略轰炸机，再考虑到航程有限，对于苏联的腹地根本没有空袭能力，能够轰炸莫斯科的飞机本来就不多，主要就是从前线机场起飞的前线轰炸机，数量本来就不多，面对有严密防御的莫斯科，要准确炸毁核心区域的克里姆林宫几乎是不可能的。

在宫墙上喷上了一层，迷彩漆，迷惑住了德军飞行员的眼睛。

沼气进行曲？

斯大林为了使莫斯科免遭纳粹的突袭，采取了许多措施。
1、把歼击航空兵主要兵力布置在莫斯科周围，划分各部分管区。
2、大量的探照灯、阻拦气球、高射炮、高射机枪布置在莫斯科，不惜使用大量弹药进行阻拦射击。
3、严格的灯火管制。
4、责任到人，由政治局委员谢尔巴科夫主管。