毛利小五郎离开警局的原因

同上！在那集剧场版有说到！在追捕一个犯人的时候，妻子英理被抓做为人质！情况危险！毛利为了安全解救英理，开枪打伤英理，然后让她趁机逃脱，然后制服犯人！但因为规定警察不能伤害人质，所以毛利离开了警局

毛利离开警局的原因是因为要调查阿笠博士，他早已怀疑阿笠博士和黑衣组织有关，说是为了妃英理事件只不过是个幌子，每次柯南用麻醉针射他的时候其实他知道，只是因为种种原因大家都不能告诉柯南事实真相而已。详情请在百度搜“柯南 结局”，青山刚昌接受采访

剧场版2，第十四番目的 里有交代。