同一个公司所盖的合同章与部门章在法律上有同等效力吗

看你这个份合同应用范围了，如果这份合同他部门就行解决，就可以了 ，如果超出他们的权限 ，你还是找最高负责人比较保险

要看这个部门章的效力了。一般的部门章是对内生效的。

严格说来，效力当然不一样。合同章代表的是公司法人，部门章之代表部门。部门对外没有签订合同的能力和资格。