新一届支部委员正式候选人上报没有通过支委会研究是否合法

1、如系支部内党员作为支委候选人未经支委会讨论上报时不符合党章精神的。
2、如系上级下派的党员列为支委候选人是允许的，党内的任职可以任命。

从你补充的情况看，是合法的。
“两推一选”其中有全体党员的参与，支部党员大会可以否决支委会的决定，只要有全体党员参与形成的决议，可以不经支委会讨论，因为支委会是支部党员大会的办事机构，应该执行党员大会的决议。