二人军棋中，一个子扛着军棋还能不能吃别的子了？

首先，很确定的说，不能。
然后，比如说，在四国军棋中，我下家用司令抗了我的军旗。那我下家的司令就只能在那个位置不能动了。但这样子，我下家的司令没有死，所以他的军旗是不会翻出来的。我对家只要用炸弹来我家大本营，就能将这个不能动的司令炸掉。这样就能看到我下家的军旗在左还是在右了。（一般没什么必要）
最后，希望对你有帮助。

首先军旗位置是固定的，只能在自己的底线两个大本营里边。
棋子抗了军旗也就不能再动了。
其余的子（不管是己方还是对方）都不能再碰这个子。也不能走到军旗的位置上了。
相当于这个子就死了。
网上所有的军旗类游戏都是这样的规则。

我见过一哥们把40放在旗营里···结果到最后我还是没有看到他的40···

首先题目本身就有错误了，扛旗后就结束了还吃别的？

不能。该子不算死，但不能动了