固定资产进项税额是否能抵税

我认为这不是问题，固定资产和材料做在一张凭证上也没问题啊！2009年1月1日以后购进的固定资产也可以抵扣进项税了。
分开记账也行，至于原始凭证，可以复印一下，在复印件上注明原件在几号凭证上。

你应该把这个进项与固定资产一并账务处理的。

否则，很麻烦。因为你有一个分录没有原凭，你正确的分录应该为

借：固定资产
应交税费-应交增值税（抵扣固定资产进项税）
贷：银行存款

后附专用发票以及验收单入库单等材料。