南京航天航空大学的下属学院

现设有航空宇航学院、能源与动力学院、自动化学院、信息科学与技术学院、机电学院、材料科学与技术学院、民航学院/飞行学院、理学院、经济与管理学院、人文与社会科学学院、外国语学院、艺术学院共12个学院；设有无人机研究院、高新技术研究院、直升机研究所等68个研究机构；建有51个实验室，其中国家级重点实验室1个，部级重点实验室和部级开放实验室9个。现有本科专业41个、一级学科博士学位授权点10个、二级学科博士学位授权点52个、硕士学位授权点127个、博士后流动站9个，涉及8个学科门类和37个一级学科。
1、研究生院

2、航空宇航学院
该学院设有飞行器设计与工程（包括飞机设计、直升机设计、气动设计和航空测试技术专业方向）、土木工程、飞行器环境控制与生命保障工程、建筑环境与设备工程4个本科专业，其中，飞行器设计、飞行器环境控制与生命保障工程两个专业为“国防重点专业”。有飞行器设计、流体力学、固体力学、工程力学、一般力学与力学基础、机械设计与理论（振动、冲击与噪声）、测试计量技术及仪器、人机与环境工程八个博士点和结构工程等九个硕士点；并设有航空与宇航技术、力学、机械学和控制科学与工程四个博士后流动站。

3、能源与动力学院
现有三系和一所：动力工程系、车辆工程系、能源系以及航空与宇航动力研究所。

4、自动化学院
下属四系一所：自动控制系、电气工程系、测试工程系、生物医学工程系以及飞行控制研究所。

5、信息科学与技术学院
本科招生专业：信息工程、计算机科学与技术、电子信息科学与技术

6、机电学院
下设四个系：设计工程系、机械制造及其自动化系、机械电子工程系、航空宇航制造工程系

7、材料科学与技术学院
学院下设三个系：材料科学与工程系、材料成型自动化系、化学化工系；一个中心实验室，四个研究所：复合材料研究所、环保技术研究所、文物保护材料研究所、涂料与涂装技术研究所；一个特种材料制品开发中心，一个工程技术培训中心；其中焊接培训部是南京市劳动局指点的焊接培训基地。

8、民航学院
学院现有空中交通管理与签派、民航运输管理、民用航空器运用工程