黄颡鱼肿瘤坏死因子的基因兼并引物怎么设计啊?急......

来源:百度知道 编辑:UC知道 时间:2024/06/07 22:26:15
我想克隆黄颡鱼的肿瘤坏死基因,但查不到基因序列,怎么设计兼并引物!
请高手多多指教!

找与此物种亲缘关系比较近的物种,将它们的核苷酸序列找出来,然后比对寻找高度同源的区域,引物就设在同源的位置
  简并引物是指用来编码一段短肽序列的不同碱基序列的混合物。主要用来同源克隆未知的基因,或用来分析某一种基因多态性的一种方法。简并引物设计的常见程序如下:1. 利用NCBI搜索不同物种中同一目的基因的蛋白或cDNA编码的氨基酸序列。
  因为密码子的关系,不同的核酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的,所以氨基酸序列才是真正保守的。首先利用NCBI的Entrez检索系统,查找到一条相关序列即可。随后利用这一序列使用BLASTp(通过蛋白查蛋白),在整个Nr数据库中中查找与之相似的氨基酸序列。
  2. 对所找到的序列进行多序列比对。
  将搜索到的同一基因的不同氨基酸序列进行多序列比对,最好采用局部比对程序如BLOCK,网址:http://bioinformatics.weizmann.a ... ww/make_blocks.html。也可选工具有Clustal W。
  3. 确定合适的保守区域。
  设计简并引物至少需要上下游各有一个保守区域,且两个保守区域相距50~400个氨基酸为宜,使得pcr产物在150~1200bp之间,最重要的是每一个保守区域至少有4个氨基酸。若比对结果保守性不是很强很可能找不到4个氨基酸的保守区域,这时可以根据物种的亲缘关系,选择亲缘相近的物种进行二次比对,若保守性仍达不到要求,则需进行三次比对。总之,究竟要选多少序列来比对,要根据前一次比对的结果反复调整。最终目的就是至少有两个4个氨基酸且两者间距离合适的保守区域。
  4. 利用软件设计引物。
  当得到保守区域后,就可以利用专业的软件来设计引物了,如利用primer 5.0进行设计。但最好使用专门的简并引物设计的方法如:CODEHOP(网址: